Theo hiểu biết của Vân Mộng Dao, hiện nay Vạn Đạo Học Cung có thể chia thành ba phe phái chính:

Phe đầu tiên là phái Thiên Võ: Lấy di sản của Thiên Võ làm nền tảng, là những tàn dư của Đại Chu ngày xưa. Mặc dù không rõ thực hư, nhưng việc sử dụng danh nghĩa này đã thu hút được một phần lòng trung thành và có ý nghĩa quan trọng đối với việc phục hưng Thiên Võ. Do đó, phe phái này nắm giữ quyền lực to lớn trong Vạn Đạo Học Cung. Vị Thiếu Quân Tô Thiểu Khanh này, chính là đại diện tiêu biểu cho phe phái này. Tuy nhiên, có tin đồn rằng nàng cũng không hòa hợp lắm với những di mạch khác trong phe Thiên Võ.

Phe thứ hai là phái Sư Đồ: Lấy các đệ tử của Học Cung làm trụ cột, là kết quả của việc truyền bá hai kinh Đạo Võ sau khi Thiên Võ phục hưng. Những nhân vật tiêu biểu cho phe phái này như Mạc Bất Phàm, là những người được truyền thụ trực tiếp từ Đạo Chủ và tự cho mình là con cháu của Học Cung. Mặc dù về mặt thân cận có thể thua kém phái Thiên Võ, nhưng số lượng đông đảo và tiềm lực mạnh mẽ giúp họ đảm nhiệm nhiều chức vụ quan trọng trong Học Cung và có ảnh hưởng lớn.

Phe phái thứ ba là phái ‘thần hàng’, cũng có thể gọi là phái thế gia, được hình thành bởi các chi nhánh của các tông môn đặt vào và những tổ chức đầu nhập vào Học Cung như Mê Thần tông, Thiên Tinh tông. Mặc dù về mặt thân cận không bằng phái Thiên Võ, về mặt trung thành cũng không bằng phái Sư Đồ, nhưng do có nguồn gốc từ các thế gia tông môn, họ có tố chất tương đối tốt và nội tình truyền thừa sâu sắc. Nhờ nỗ lực phát triển và mạo hiểm, họ cũng có một vị trí nhất định trong Học Cung.

Đây chính là ba phe phái chính trong Vạn Đạo Học Cung hiện nay!